Antibiotika används för att ta död på bakterier och förhindra infektionsspridning, men de kan även undertrycka immunförsvaret och minska symptomen på HS. När antibiotika används för behandling av HS tas dessa under längre tid.
De kan appliceras direkt på huden (läkemedel för utvärtes bruk) eller tas oralt i form av tabletter (systemiska antibiotika).